Бурное развитие реформационных процессов, расколовшее гуманистическое движение, поражение Крестьянской войны и дальнейшее упрочение в стране власти князей, крушение надежд на политическую консолидацию страны, раздиравшейся межконфессиональными противоречиями и спорами, —все это сказалось на судьбе гуманизма. Утратив ненадолго обретенную автономию в борьбе за светскую культуру, он перестраивается: гуманисты теперь поневоле избирают пути эрудитских занятий, работу кабинетных ученых, преподавателей в школах и университетах, поставленных под усилившийся контроль католических или протестантских властей. Это приводит к сужению и нарастающей аристократизации прежних идеалов, к ставшему правилом политическому конформизму. Оплодотворив последующее развитие культуры, гуманизм как самостоятельная линия в ней постепенно затухает. Старая и новая церкви, отфильтровывая его культурные достижения, стре- мятся поставить их на службу собственным целям.

Одну из главных попыток «согласования» гуманизма и новых конфессиональных интересов сделал знаток Аристотеля и Цицерона, ближайший соратник Лютера и почитатель Эразма, профессор греческого языка в Виттенбергском университете Филипп Меланхтон (1497—1560). Он впервые систематизировал евангелическое учение Лютера и стал одним из главных его защитников и апологетов в полемической борьбе. Многочисленные богословские труды, особенно «Общие понятия теологии», в которые автор не раз вносил коррективы, как и важная роль Меланхтона в выработке «Аугсбургского исповедания веры» 1530 г., обеспечили ему второе после Лютера место среди основоположников новой церкви. Основное значение культурной деятельности Меланхтона состояло, однако, в ином. Выдающийся знаток античных классиков, философ, историк, увлекавшийся также географией, он был прежде всего замечательным педагогом, теоретиком и организатором школьного и университетского образования. По его планам был основан ряд латинских школ и реформированы восемь университетов. Его идеи и учебные программы повлияли на развитие образования также и в католических землях. Из круга его многочисленных учеников вышли почти все выдающиеся школьные учителя и университетские профессора середины и второй половины XVI в. Все это принесло ему славу «наставника Германии». Гуманистическая настроенность Меланхтона сказывалась и на его попытках смягчения межцерковных противоречий, в частности на компромиссах с кальвинизмом, что неоднократно приводило его к конфликтам с фанатиками строгой лютеранской догмы. К Меланхтону тяготели многие бывшие участники гуманистического движения, в том числе из эрфуртского сообщества. Они продолжали переводить и комментировать классиков, создавать труды по естествознанию, но одновременно писали биографии деятелей Реформации, речи о необходимости сочетания наук с евангельским благочестием, участвовали в межконфессиональной полемике и строительстве лютеранской церкви.