Самым крупным по масштабам историческим трудом протестантских авторов стало издание в 13 томах «Церковной истории, изложенной по столетиям», где каждому веку («центурии»), начиная с Рождества Христова до XIII столетия, был посвящен отдельный том. Издание, вышедшее в 1559—1574 гг., впервые в исторической науке готовилось как коллективная работа. Ее возглавлял из Магдебурга лютеранский теолог Матфей Флакк (Власич), получивший гуманистическое образование в Венеции. Работа, которую часто сокращенно называют «Магдебургскими центуриями», создавалась по строгому плану, с четким разделением задач участников. Одни собирали материалы, в том числе в католических землях и странах — тайно, другие делали отбор и анализ источников, третьи, во главе с Флакком, вели завершающую фазу написания и редактирования книг. Главной целью труда был показ на широчайшем историческом материале процесса «порчи» церкви после периода раннего христианства и превращения ее под главенством римских пап в «царство Антихриста». Авторы дают разностороннюю картину жизни церкви и религиозных верований (в том числе еретических) разных веков, они идеализируют императоров, боровшихся с палами, разоблачают ряд католических легенд и сфабрикованных документов, в частности обосновывают подложность «Константинова дара». Вместе с тем, сделав шаг вперед в собирании источников, организации работы, использовании критического метода, создатели «Магдебургских центурий» подчинили свой труд задачам откровенной антикатолической пропаганды. Отсюда и одностороннее использование ими критицизма — средневековые легенды, враждебные папству, они сохраняют.

Католическая сторона отвечала протестантам главным образом яростными полемическими сочинениями, но в 1588—1593 гг. появился в качестве научного противовеса «Магдебургским центуриям» труд объемом в 12 томов — «Церковные анналы». Его автором был кардинал Чезаре Баронио, который использовал недоступные протестантам богатейшие архивы Ватикана. Стремясь на основе документов от года к году осветить жизнь церкви до конца XII в. и вместе с тем опровергнуть нападки лютеран, Баронио также обра- щался к критическому методу, но подчинял его применение задачам апологетики папства и католицизма. Историография, таким обра- зом, в условиях острой межконфессиональной борьбы использова- лась в пропагандистских целях обеими сторонами. В то же время публикация крупных массивов новых источников, стремление в полемике с оппонентами выявить реальные, а не только риторические доказательства определенной точки зрения в конечном счете способствовали продвижению вперед истории как науки.

Одной из характерных работ католической историографии, получившей европейский резонанс, стала книга Иоганна Кохлея «Комментарии о деяниях и сочинениях Мартина Лютера» (1549). До Реформации Кохлей был одним из поборников гуманистической образованности. После выступления Лютера он сохранил верность римской католической церкви, а затем постепенно вошел в число ее главнейших полемистов. Его перу принадлежало свыше сотни антилютеровских памфлетов. Публицистическая окраска присуща и «Комментариям». Эта книга стала первой биографией Лютера (протестанты написали свои варианты позже) и первой историей Реформации, освещенной с католических позиций. Компилируя нужный материал из разных работ, включая в книгу множество цитат Лютера, вырванных из контекста его сочинений, Кохлей все подчиняет жесткой схеме: он стремится показать, что самые различные несчастья, расколы, ереси, секты, волнения и восстания с 1517 г. до 1547 г. (таковы хронологические рамки работы) имели один и тот же адский корень —деяния и писания саксонца Мартина Лютера. Он изображается как одержимый, фанатик, полный нена- висти к папству и католической церкви, демон разрушения, порож- денный самим Сатаной. Чтобы продемонстрировать масштабы бедствия, Кохлей набрасывает действительно широкую, но крайне тенденциозную картину Реформации. Если освещение ее Слейданом считалось в лютеранской среде самым авторитетным до XIX в., то традиции концепционных оценок Кохлея продолжали жить в католической историографии до начала XX в.