Именно в этот период —с начала 1530-х годов до середины века — формируются новые тенденции натурфилософской мысли, одним из истоков которых стали достижения гуманизма. Отношение к гуманистической традиции оказывается противоречивым: на достигнутый ею уровень знаний античного наследия опираются, но ее же и отметают как ориентацию на «книжную науку», на авторитеты, тогда как задачей времени становятся обращение в естеств знании к опоре на опыт, на собственные исследования, и попытки теоретически обосновать необходимость этого. В немецкоязычных землях главным выразителем новых тенденций стал Парацельс . Он, однако, не был одинок.

В 1530 г. немецкий гуманист К. Агриппа Неттесгеймский опубликовал сочинение «О недостоверности и тщете всех наук и искусств». Скептические мотивы в духе Николая Кузанского, Эразма и итальянских неоплатоников доводятся здесь до глобальной кри- тики «тирании» и старых и новых авторитетов. В 1531—1533 гг. Агриппа издал работу «Об оккультной философии», где утверждалась возможность познания природы вещей и практического использования скрытых в них сил на основе постижений тайн естественной магии. В русле магических, алхимических, астрологических представлений поначалу нередко происходило взрывание изнутри средневековых традиций, накопление новых опытных знаний и становление натурфилософии с ее идеей единства мира, взаимосвязи человека с макрокосмом. Со временем, однако, поэтическое мифотворчество о природе, призванное заполнить фантазией бесчисленные бреши в ее реальном постижении, стало разрастаться и превращаться зачастую в околонаучное занятие, вызванное искренним желанием найти объяснение природным явлениям. В эпоху Возрождения четкое размежевание этих двух линий еще не произошло.

Во второй половине XVI в. мощный отпечаток на религиозно-философскую мысль накладывают процессы окостенения и схоластизации церковной ортодоксии. Важную роль в обосновании догм—католических, лютеранских, кальвинистских—играют университеты, поставленные на службу церкви и княжеской власти, задающей тон в политической жизни Германии. В 1563 г. по заказу курфюрста Пфальцского создается образцовый кальвинистский катехизис, получивший название Гейдельбергского. Позже, в 1618—1619 гг., на Дордрехтском синоде кальвинистов он был признан символической книгой. Распространение кальвинизма вызывало негодование и католиков, и лютеран. В «евангелическом» Саксонском курфюршестве кальвинистов пытали и приговаривали к смертной казни. В 1577 г. здесь было выработано ортодоксальное исповедание лютеранства — «Формула согласия». В1580 г. она была включена в «Книгу согласия» вместе с раннехристианским символом веры, катехизисом Лютера, Шмалькальденскими статьями, Аугсбургским исповеданием веры и Апологией этого исповедания, составленными Меланхтоном. «Книгу согласия»—официальный документ догматики лютеранства — подписали 86 имперских чинов и около 8,5 тыс. представителей лютеранского духовенства. Она стала обязательной нормой для двух третей всех немецких протестантов.