Новые тенденции в швейцарской культуре XVI в. были связаны с развитием не только гуманитарных, но и естественных наук. В целом швейцарцы шли здесь в русле уже завоеванного учеными других стран. Из этого правила были, однако, и исключения. Самое яркое из них — деятельность врача, алхимика и родоначальника немецкой натурфилософии Теофраста Парацельса (1493—1541). Сын врача из древней, но обедневшей немецкой дворянской фамилии Гогенхеймов, он родился близ Эйнзидельна в Швейцарии; в зрелые годы избрал псевдоним, под которым писал свои сочинения и вошел в историю. Под руководством отца он изучал медицину и «тайные искусства» алхимии и магии, великим знатоком которых стал позже, получил образование в Италии, на медицинском факультете Феррарского университета, где преподавали врачи-гуманисты. Сам он, однако, «книжный» гуманизм отверг и остро критиковал античных и современных авторов за недостаточное внимание к урокам природы, к опытным знаниям, за попытки вместо них обращаться к «химерам и фантазиям».

В поисках новых знаний он исколесил всю Европу — от Португалии до Литвы, от Сицилии до Швеции, осваивая не только профессиональную, но и презиравшуюся в университетах народную медицину, участвуя в качестве хирурга в трех войнах. Позже сложились легенды, что в пору путешествий он был приобщен к «тайнам египетским», получил секрет «философского камня», превращающего металлы в золото, и т. д. Странствовал Парацельс по сути всю жизнь. Он славился своими успехами врача, которые современникам казались чудесами: вылечил, например, тяжело болевшего Фробена. В Базеле Парацельс впервые начал читать лекции по медицине в университете не на латыни, а на немецком языке для их большей доступности, но его основанные на собственном опыте новаторские по ходы к медицине были высмеяны учеными-«книжниками». Пар цельсу пришлось оставить преподавание.

Как ученый он сблизил медицину и химию, положив начало своими открытиями новому этапу в создании лекарств и практическому врачеванию химическими медикаментами. Он внес важный вклад в лечение различных типов заболеваний, связанных с отложением камней в организме, нервных, легочных и др. Парацельс обосновывал гуманные цели врачевания, призывал алхимиков искать не золото, а средства исцеления людей. Он стал поборником исследования природы на основе тесной связи опыта и теории. В своей философии он одухотворял природу, наделял ее антропоморфными признаками, подчеркивал неразрывную связь каждого природного явления и «микрокосма» — человека с единым мирозданием, полным внутренней динамики, взаимодействия и борьбы незримых сил.

Философское учение Парацельса способствовало развитию пантеистических тенденций в космологии и науках о человеке. Ренессансный культ постижения скрытых тайн природы, «света натуры», пронизывал всю деятельность Парацельса. Он был также создателем одной из характерных для эпохи социальных утопий, много писал не только по вопросам естественных наук и натурфилософии, но и о возможности устроить на земле царство справедливости — общество «блаженной жизни». Сам Парацельс сумел опубликовать лишь малую часть своего творческого наследия, но во второй половине XVI—начале XVII в. стали выходить многочисленные тома его сочинений, его идеи развития опытных знаний (а заодно и ряд фантастических построений) были подхвачены последователями в разных странах; и парацельсизм, со всеми его противоречиями, стал заметным явлением научной и культурной жизни Европы. Сочинения Парацельса и легенды о нем послужили впоследствии одним из источников, вдохновлявших Гете при создании образа Фауста. Видным швейцарским ученым был и другой врач с разносторонним кругом интересов — Конрад Геснер (1516—1565). Его называли «Плинием Гельвеции» (гелъветы были одним из народов, населявших земли будущей Швейцарии в античные времена). Геснер устроил в Цюрихе ботанический сад, заложил основы систематической ботаники, внес крупный вклад в зоологию своей «Историей животных».