Другим направлением деятельности Изабеллы и Фернандо, пожалованных папой титулом Католических королей, было укрепление и очищение испанской церкви. В конце XV— начале XVI вв. Франсиско Хименес де Сиснерос (1436—1517) возглавил это течение как государственный деятель и как духовный пастырь. Юрист, получивший образование в одном из лучших центров юридической мысли Европы — в Саламанкском университете, долго живший в Риме, он, вернувшись на родину, принял сан священника, а затем вступил в орден францисканцев, близкий по духу Сиснеросу — аскету и пламенному борцу за свои идеалы. Образованность и религиозное рвение доставили ему пост духовника Изабеллы, кафедру Толедского архиепископа—примаса испанской церкви и должность канцлера Кастильского королевства, а с 1507 г. — сан кардинала. Понимая необходимость укрепления авторитета церкви, он провел расследования о поведении клира и монахов, беспощадно изгоняя тех, кто не выполнял обетов, нарушал заповеди и не был «образцом святой жизни». Руководствуясь вниманием к внутренней религиозности, Сиснерос требовал не формального, а искреннего и подлинного служения Богу и церкви. В русле веяний эпохи он предался научному изучению Библии, и в 1514 г. по его инициативе была издана так называемая Комплутенская полиглота —тексты Священного Писания на древнееврейском, греческом и латинском языках, над которыми работали лучшие знатоки древностей, гуманисты X. де Вергара, А. де Небриха, П. Коронель и др., что позволило увидеть библейские тексты без позднейших искажений. Уже будучи кардиналом, Сиснерос основал университет в Алькала-де-Энарес. Но его непримиримость в религиозном вопросе привела людей на костер инквизиции, тем более, что с 1507 г. он занимал должность Великого Инквизитора. Уже в Гранаде он прибег к насильственной христианизации мусульман, а позже в Северной Африке мечом обращал мавров в католичество, лично участвуя в организованном им походе.

Деятельность Сиснероса не прошла даром. Мощная испанская церковь, усиленная инквизицией, надолго стала незыблемой опорой складывавшегося абсолютистского государства в Испании и католицизма в Европе. Испанские теологи играли роль идеологов на Тридентском соборе. Одним из них был Хуан де Авила (1499— 1569), начавший как бродячий проповедник и собиравший вокруг себя толпы приверженцев. Пламенный оратор, сторонник концепции внутренней религиозности, Хуан де Авила и сам стремился подчинить себе души паствы и наставлял в этом иных церковных деятелей. Его мнения через архиепископа Гранады повлияли на решения Тридентского собора Чутко уловив дихотомию морального становления и практического регулирования поведения через законы, он отдал предпочтение первому. На эту же эпоху приходится деятельность и творчество Тересы де Хесус (1515—1582) —визионерки, основательницы монастырских обителей, писательницы, обретшей свое призвание в совершенствовании своих духовных дочерей.

Идея реформы нашла на Пиренеях приверженца в лице Игнатия Лойолы (1491—1556). Он происходил из древнего баскского рода, в юности служил при дворе, был отважным и умелым рыцарем. При осаде Памплоны, получив ранение, он остался на всю жизнь хромым. Духовный кризис заставил его с тем же рвением, с каким он раньше предавался турнирам и битвам, предаться духовному совершенствованию и служению церкви. В 33 года он взялся за учение, сочетая его с проповедью народу. Соединив в своих проповедях и писаниях, в том числе и в «Духовных упражнениях», народное францисканство с университетской схоластикой и влия- ниями эразмианства и луллизма, Лойола как главную идею деятельности своей и нового ордена иезуитов выдвинул следование Христу — бедному и страдающему. Строгая дисциплина в нем сочеталась с воспитанием искренней веры и слепой преданности ордену. Быстрое проникновение во все поры общества, успешное продвижение вверх в качестве воспитателей, духовников, советников знати и королевской семьи в сочетании с принципами двойной морали сделало орден в XVII в. значительной духовной и политической силой и в Испании, и в Европе, и за морями. Иезуиты проявляли огромное внимание к местной культуре и обычаям, но в то же время настойчиво насаждали католическую веру и культуру, что способствовало утрате местной специфики и интернационализации сознания, знаний и привычек. Особое внимание они уделяли педагогике.