Еще больше изменений претерпело школьное обучение. С конца XV в. появилось множество светских, так называемых «латинских» школ в городских приходах, которые содержались на средства прихожан. Там изучали письмо, счет, латынь и в первую очередь — Закон Божий. Наряду с ними в радиусе двух миль от каждого торгового города появились так называемые «датские» школы, без латыни. Устройство обычной школы было все еще типично средневековым: общий зал, ученики разного возраста зубрят задание или стоят в очереди, чтобы сдать урок, учитель сидит с розгами. Одним из главных предметов были псалмы. Грамматика изучалась по церковным книгам. В результате распространения школ до половины деревенской молодежи овладевало грамотой, а в среде ремесленников и высших торговцев грамотность была поголовной. Школа вошла в повседневную жизнь народа, и после Реформации государство уделяло ей большое внимание.

В 1604 и 1621 гг. были проведены школьные реформы. В латинских школах ввели «Виттенбергский катехизис» Меланхтона. Для народа при епископских соборных капитулах строили средние школы, в небольших поселениях — школы низшей ступени. Образцом для латинских школ стала программа школы, организованной в 1581 г. в бывшем монастыре в Соре. Это был элитарный лицей для 30 дворянских и 30 бюргерских детей, предназначенный для подготовки государственных служащих, — так называемая «Королевская и дворянская рыцарская академия в Соре». Там должны были изучать обычные предметы латинских школ, но также музыку, стихосложение, танцы и прочие искусства, соответствующие ренессансному идеалу. Выпускники затем отправлялись на 6—8 лег в прославленные университеты Европы. Постепенно в Соре ввели греческий и древнегреческий языки, математику, историю, медицину («физику»). В XVII в. были созданы классические гимназии и Навигатская школа, а также детский приют в Копенгагене, где обучали не только чтению, письму, но и «добрым ремеслам». Новшеством было и включение девочек в число воспитанников приюта.

Постепенно совершенствуются методы обучения, появляются учебные пособия — картинки, фигурки, модели. Создается набор учебных книг по разным предметам, часто иллюстрированных. В подготовке учебников участвовали многие гуманисты. Появились специальные книги и для детей. Первая детская азбука Нильса Бредала (1591) была построена на основе высказываний Эразма Роттердамского о роли воспитания детей и школьной грамотности. Католичество долго сохраняло сильное влияние в педагогике. Особую роль здесь играли иезуитские школы, их учебники и педагогические приемы. Среди студентов университета также ходили учебники и пропагандистские сочинения иезуитов (на латыни и датском). Королевскими ордонансами первой четверги XVII в. иезуитам было запрещено работать и «выступать» в школах и церквах, а датским студентам — обучаться в иезуитских школах, в частности в Пруссии.